3000番台は静岡・神領・大垣車両区配置の2両編成。車内はセミクロスシート構造を採用。
静岡車両区と神領車両区に新製配置され、大垣車両区には神領からの転属で配置された。
身延線・御殿場線・飯田線・東海道線（美濃赤坂線）の各路線でワンマン運転を行っている。
編成記号は静岡車両区所属がV1〜V12、大垣車両区所属がR101〜R113を名乗っている。
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| ワンマン運転ではない列車にも数多く充当されている。 2009年10月3日 桑名にて | 神領から大垣へ転属したR106（旧神領区B306）編成。 2013年3月28日 美濃赤坂にて |
編成別写真集はこちら（R編成のみ）
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